Zisterzienser
Ganz im Süden der Grafschaft Pfirt an der Grenze zur Eidgenossenschaft wurde bereits 1124 das Kloster Lucelle (Lützel [nach 1789 abgetragen]) gegründet, das weit über die Region hinaus Bedeutung erlangt hat. Es war das Mutterkloster von Salem und Tennenbach sowie weiterer elsässischer Zisterzienserklöster (Neuburg [bei Hagenau], Pairis [im Weißbachtal bei Kaysersberg], das wiederum die Ortsherrschaft von Widensolen nahe Neuf-Brisach innehatte, St. Apollinaire [westlich von Basel]). Das Kloster Lucelle hatte im Elsass auch die Ortsherrschaft von Lutterbach (bei Mulhouse).
St. Apollinaire, an der Grenze der Herrschaften Pfirt und Landser gelegen (Klostergebäude Neubau 1656, Abb. links), seit 1334 unter dem Priorat des Klosters war dem heiligen St. Apollinaris von Ravenna gewidmet und Ziel einer bedeutenden Wallfahrt.
Kloster Ottmarsheim
Die Benediktinerinnenabtei war ein früher Besitz eines Zweiges der Habsburger, die hier ihre Grablege planten (Klosterkirche ab 1030); in der Folgezeit relativ unbedeutende Abtei auf habsburgischem Territorium, seit 1580 in ein adliges Damenstift umgewandelt, seit 1648 unter frz. Oberherrschaft.
Kloster Murbach
Hésingue nahe Basel war eine alte Besitzung des Kloster Murbachs, das von 1258 bis 1545 an die Familie zu Rhein verpfändet war, aber seither von einem Vogt des Klosters verwaltet wurde, das Schloss ist nicht erhalten.
Deutscher Orden
Der Deutsche Orden hatte nach dem dreißigjährigen Krieg und der Übernahme des Elsass durch Frankreich Mühe seine Herrschaft wiederaufzubauen. Der zur Ballei Elsass-Burgund gehörenden Kommende Rixheim/Mülhausen gelang dies jedoch bis 1699 (Neubau der Deutschordenkommende 1735). Zur Kommende Rixheim gehörte auch die an den Breisgau grenzende Ortschaft Fessenheim. Wappen: Schwarzes Balkenkreuz auf weißem Schild (siehe Deutscher Orden).
Herrschaft Fessenheim: eines der ältesten Gebiete der Habsburger am Oberrhein (seit 1180), in der Folge als Lehen weitergegeben an Waldner, Andlau, Stürtzel, Truchsess von Wolhusen, 1622 an Falkenstein, 1690 vom deutschen Orden gekauft.
Weitere Geistliche Herrschaften
Wie im Breisgau hatten auch die anderen Geistlichen Orden Besitzungen im Elsass, so die Johanniter (Colmar, Soultz), die Jesuiten (Molsheim), die Antoniter (Issenheim), eine Ortsherrschaft war meist nicht damit verbunden.